(1)廷杖。廷杖即由皇帝下令,司礼监监刑,锦衣卫施刑,在朝堂之上杖责大臣的制度。朱元璋在位期间曾将工部尚书薛祥杖杀于朝堂之上。明太祖死后,“廷杖”之刑被愈益广泛地使用。明武宗正德初年,宦官刘瑾秉承皇帝旨意,“始去衣”杖责大臣,使朝臣多有死者。嘉靖年间因群臣谏争“大礼案”,被杖责的大臣多达134人,死者竟有16人。至明亡前崇祯皇帝也没有停止杖责大臣的制度。皇帝法外用刑,加深了统治集团内部矛盾,对法制实施造成恶劣影响。
(2)“厂”、“卫”特务司法机关。这既是明代司法的一大特点,又是明代的一大弊政。“厂”是直属皇帝的特务机关。“卫”是指皇帝亲军十二卫中的“锦衣卫”,下设镇抚司,由皇帝任命亲信“提督”厂卫,多由宦官充当。厂卫干预司法始于太祖时期,洪武十五年(公元1382年)太祖始令锦衣卫负责刑狱与缉察逮捕。锦衣卫下设南、北镇抚司,其北镇抚司“专理诏狱”,按旨行事,并设法庭监狱。尽管太祖后期曾加禁止,但成祖很快恢复,成祖时“恐外官徇隋”,设宦官特务机构“东厂”,专司“缉访谋逆,大奸恶”,其权超过锦衣卫。宪宗时又为监督广、卫而设“西厂”,至武宗为监督东西厂,又设“内行厂”。明末曾下令尽毁锦衣卫刑具,不许再用。到明后期,厂卫特务多达十余万,严重地干扰了司法工作:其一,奉旨行事,厂卫作出的裁决,三法司无权更改,有时还得执行;其二,非去逮捕行刑,不受法律约束。