1.正确区分本罪与非罪的界限。明知发生犯罪事实或者明知犯罪人的去向,而不主动向公安、司法机关举报的行为,属于单纯的知情不举行为,不成立本罪。知道犯罪事实,在公安、司法机关调查取证时,单纯不提供证言的,也不构成本罪;但如果提供虚假证明包庇犯罪人,则成立包庇罪或伪证罪;如果拒不提供间谍犯罪证据,则成立相关犯罪。
2.正确区分本罪与事前有通谋的共同犯罪。窝藏、包庇行为是在被窝藏、包庇的人犯罪后实施的,其犯罪故意也是在他人犯罪后产生的,即只有在与犯罪人没有事前通谋的情况下,实施窝藏、包庇行为的,才成立本罪。如果行为人事前与犯罪人通谋,商定待犯罪人实行犯罪后予以窝藏、包庇的,则成立共同犯罪。因此,刑法第310条第2款规定,犯窝藏、包庇罪,事前通谋的,以共同犯罪论处。在这种情况下,即使共同犯罪所犯之罪的法定刑低于窝藏、包庇罪的法定刑,也应以共同犯罪论处。
3.正确区分本罪与伪证罪。(1)本罪为一般主体;而伪证罪是特殊主体,只限于证人、鉴定人、记录人与翻译人。(2)本罪发生的时间没有限制;而伪证罪必须发生在刑事诉讼中。(3)本罪是通过使犯罪人逃匿或者采取其他庇护方法,使其逃避刑事制裁;伪证罪掩盖的是与案件有重要关系的犯罪情节。(4)窝藏、包庇的对象既可以是犯罪嫌疑人、被告人,也可以是受有罪宣告的犯罪人;而伪证罪所包庇的对象只能是犯罪嫌疑人、被告人。