法院对行政许可案件的审理原则上需要遵循一般的审理规则，但《许可规定》对以下三点作出特别规定：
（一）被告不履行举证责任及处理
根据行政诉讼法及相关解释的规定，对被诉具体行政行为的合法性，由被告承担举证责任；被告未在法定期限内提供证据的，视为被诉具体行政行为没有证据。这一要求在多数行政案件中，尤其是被诉行政行为为不利决定时，对保护当事人合法权益有十分积极的意义。不过，行政许可这类授益行政行为略有特殊。虽然毫无疑问，此类行为一旦被诉，理应由被告承担举证责任。但若出现被告不履行举证责任，法院便认定被诉行为没有证据，往往将直接对行政许可申请人或利害关系人的合法权益造成不利影响。因此，《许可规定》结合行政许可案件的特殊性，设置了特殊规则。“被告不提供或者无正当理由逾期提供证据的，与被诉行政许可行为有利害关系的第三人可以向人民法院提供；第三人对无法提供的证据，可以申请人民法院调取；人民法院在当事人无争议，但涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的情况下，也可以依职权调取证据。”如果“第三人提供或者人民法院调取的证据能够证明行政许可行为合法的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求”。
（二）新法与旧法的适用
在行政许可案件审理中，关系到新法与旧法的适用问题上有两点值得注意：
1．行政机关受理许可申请后尚未作出许可决定，法律规范发生变更的适用。根据《许可规定》第9条规定，法院原则上应适用新法，“人民法院审理行政许可案件，应当以申请人提出行政许可申请后实施的新的法律规范为依据”。
但是，在符合下列两个条件时，法院应以旧法为依据：第一，行政机关在旧法生效期受理许可申请，本应在旧法生效期间作出决定，但无正当理由拖延审查至新法实施后方作决定；第二，适用新法不利于申请人。
2．准予许可决定违反旧法但符合新法的处理。《许可规定》第10条规定：“被诉准予行政许可决定违反当时的法律规范但符合新的法律规范的，判决确认该决定违法；准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益的，判决驳回原告的诉讼请求。”
（三）对关联行政行为的审查
《许可规定》规定：“作为被诉行政许可行为基础的其他行政决定或者文书存在以下情形之一的，人民法院不予认可：（一）明显缺乏事实根据；（二）明显缺乏法律依据；（三）超越职权；（四）其他重大明显违法情形。”据此，法院有权对关联行政行为进行审查，但审查强度有限，即只有在该行为明显违法时，法院才不予认可。
理论法学-杨帆
