刑事诉讼中的专门机关，是指依照法定职权进行刑事诉讼活动，并在诉讼中承担一定职能的国家机关。刑事诉讼中的专门机关主要是指人民法院、人民检察院和公安机关。另外，还包括国家安全机关、军队保卫部门、监狱、海关走私犯罪侦查部门等。
一、公安机关的性质、组织体系
（一）公安机关的性质：行政机关
（二）公安机关的组织体系
1、上下级关系：领导与被领导的关系
2、中央一级-------------------------------------------公安部
省、自治区、直辖市---------------------------------公安厅（局）
地区、自治州、省辖市-------------------------------公安处（局）
县、县级市、自治县、直辖市、中等城市的市辖区-------公安（分）局
3、根据需要，在大中城市街道办事处和县属的乡镇设立公安派出所，他们是基层公安机关的派出工作机构，履行基层公安机关的部分职责，但不是一级公安机关。
4、公安部和地方公安机关根据工作需要，经国务院批准，可以在一些特殊的部门或单位设立专门公安机关，如我国的海关缉私局，还有在铁路、交通、林业、民航等系统设立的公安机关。
二、其他侦查机关
其他侦查机关主要是指：国家安全机关、军队保卫部门、监狱和走私犯罪侦查机关。这些部门在各自领域中行使与公安机关相同的职权。其申请批捕由相应的检察机关批准。
三、人民检察院的性质、组织体系
（一）人民检察院的性质：司法机关
（二）人民检察院的组织体系
上下级关系：领导与被领导
补充知识：司法权的特征：1.注重参与；2.消极被动；3.司法权上下级不可以是领导关系
四、人民法院的性质、组织体系
（一）人民法院的性质：司法机关
（二）组织体系
上下级关系：监督与被监督关系
理论法学-杨帆
