香港基本法和澳门基本法均设专节规定司法机关。由于香港属普通法系地区，因而香港的司法机关只有法院，检察机关则作为行政机关的一部分。澳门属大陆法系地区，因此，澳门的司法机关除法院外，还包括检察机关。
按照香港基本法的规定，除因设立香港特别行政区终审法院而产生变化外，香港原有的司法体制基本不变，各级法院是香港特别行政区的司法机关，行使香港特别行政区的审判权。根据香港基本法第81条的规定，香港特别行政区设立终审法院作为最高法院；将原香港最高法院更名为高等法院，内部仍设上诉法庭和原讼法庭；将原地方法院更名为区域法院；原裁判司署法庭和其他专门法庭仍予以保留。终审法院法官和高等法院首席法官的任免还须行政长官征得立法会同意，并报全国人大常委会备案。
澳门特别行政区法院的设置，基本保留原有分为普通法院和行政法院两套平行的法院系统的体制。在普通法院之外仍设行政法院，管辖行政诉讼和税务诉讼的案件。澳门基本法规定，不服行政法院的判决可向中级法院上诉。澳门的普通法院原称“澳门法院”，为隶属于里斯本中级法院的初级法院，对其判决不服可以上诉于里斯本中级法院直至葡萄牙最高法院。澳门回归后，澳门特别行政区享有终审权，因此，必须对原有普通法院进行适度调整。为此，澳门基本法第84条规定，澳门特别行政区设初级法院、中级法院和终审法院三级，其中终审法院是行使终审权的法院。终审法院法官的免职由行政长官根据立法会议成员组成的审议委员会建议决定。终审法院法官的任免须报全国人大常委会备案。
理论法学-杨帆
