1.法院组织
明治维新初期,日本还没有系统的法院组织体系,司法与行政不分。1871年成立司法省,民刑裁判权统一由其监管,地方则由地方行政官兼任司法官。1875年制定《大审院各级法院职制章程》,规定大审院为全国最高司法机关,下设上等法院、巡回法院、府县法院,废除了地方官兼任司法官的制度,初步实现了司法与行政的分离。
明治宪法颁行后,按法国和德国的模式建立了普通法院和行政法院两个系统,并于1890年颁布了《裁判所构成法》和《行政裁判法》。《裁判所构成法》参照德国法院组织体系制定而成,规定全国设区法院、地方法院、控诉院、大审院,实行四级三审制。《行政裁判法》规定了行政法院组织以及行政诉讼原则和制度,共4章47条。法院规定在东京设立行政法院,只负责审理依法律、敕令及有关行政裁判文件所规定的行政违法案件。
2.诉讼制度
1890年日本政府参照德国刑事诉讼法,制定《刑事诉讼法典》,1890年10月公布,同年11月实施。
1885年日本政府在德国人铁肖指导下,完成民事诉讼法典草案,经法律调查委员会几度修改,于1890年4月公布,次年1月实施。这是日本第一部《民事诉讼法典》。